商丘市中医院始建于20世纪50年代。其前身是商丘专区人民医院门诊部，1961年改为商丘地区专直干部公费医疗门诊部，1976年4月改为商丘市中医院，1984年6月改为商丘地区中医院，商丘撤地建市后改为商丘市中医院。

商丘市中医院是一所三级甲等中医医院(全民事业性公立医院)。主管部门为商丘市卫健委。

商丘市中医院是商丘地区一所三级甲等中医医院，是河南中医药大学教学医院，商丘医学高等专科学校附属中医院，示范区医疗健康服务集团总医院，北京中医药大学东方医院、首都医科大学三博脑病医院协作医院，河南省中医院、河南省人民医院、河南中医药大学一附院，洛阳正骨医院(河南省骨科医院)骨科联盟医院战略合作医院。商丘市城镇职工医疗保险、城乡居民医疗保险定点医院，商丘“120”联动医院。长期以来肩负着全市及豫鲁苏皖四省交界区域的医疗、教学、科研、康复、保健等重任。

商丘市中医院坐落在市区繁华地段团结路38号(团结路与归德路交汇处)，火车站、高铁站、中心汽车站近在咫尺，区域位置十分优越。

商丘市中医院新院区建设项目，占地129亩，计划1500张床位，在市委、市政府和市卫健委领导的关心和指导下，于2019年年底破土动工。

目前医院编制床位700张，拥有职工1079人，专业技术人员942;高级职称108人，中级职称328人，医院汇聚了众多医疗界知名中医、中西医结合专家。国家级名中医1人，省级名中医2人，博士1人，硕导4人，硕士研究生84人。有30多人担任省级专业委员会委员，1人副主委，市级副主委多人，20多人被评为专业技术拔尖人才，5人被评为市首届百佳优秀医生，8人被评为商丘市名中医。

门诊科室齐全，病房功能完备，有45个临床医技科室，设有20个病区。3个省级重点专科、4个市级知名中医专科;1个省医疗中心(河南省肛肠病区域诊疗中心)、2个市级医疗中心(商丘市针灸推拿区域诊疗中心、商丘市康复治疗中心);设有健康体检中心、社区卫生服务中心。

门诊开设：急诊科、内科(心血管、脑血管、肝病、脾胃、肺病、肾病、肿瘤、糖尿病、风湿免疫、疼痛等专科)、骨伤科、骨关节病科、椎间盘微创专科、脑外、脑血管介入、胸外、泌尿外、手足外、疼痛科、妇产科、儿科、针灸科、推拿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤性病科、张八卦外科、肛肠科、泌尿男科、儿童康复科、康复治疗中心、治未病亚健康调理中心及国医堂等临床科室。

临辅医技科室：核磁室、CT室、放射科、超声科、功能检查科、检验科、病理科、胃镜室、血液透析中心、PCR实验室以及制剂室、中药房、西药房等。

设病区：心病一科、心病二科、脾胃肝胆科、脑病一科、脑病综合病区、糖尿病科、肺病科、骨伤科(骨一)、骨关节科(骨二、骨三科)、外科综合病区、妇产科、儿科、老年病(肿瘤)科、血液肿瘤科、风湿病科、肛肠科、张八卦外科、针灸推拿科以及重症监护(ICU)等。

医院拥有先进的医疗设备：GE3.0T静音核磁共振、美国第五代GE超高端动态500排大宝石能谱CT、美国Voluson E10四位容积妇产超声、DR、平板胃肠机、彩色多普勒超声诊断仪、双球管X光机(G型臂)、口腔CT、全自动生化分析仪、全自动核酸分析仪等一大批在商丘地区乃至全省都处于领先地位的大中型诊疗设备，并拥有先进的杂交手术室、血液透析室、重症监护室设备。

医院坚持走中医有特长，西医有实力，中西医结合有优势之路。骨伤科(骨关节病科)、肛肠科为省级重点专科，针灸推拿科为省级重点专科建设单位;心病科、脑病科、脾胃病科、名中医工作室、张八卦外科、妇产科属商丘市知名中医专科。

近年来，医院先后承办了院士·国医大师商丘行暨商丘市中医院传承拜师仪式(我院14名同志拜于大师门下)、连续四届全国伊尹中医药文化会议、全国首届伊尹文化论坛、中国中医药研究促进会伊尹文化传承发展分会成立大会;先后成立了石学敏院士工作站、首都名医工作室、苏庆民工作室、邵氏针灸流派传承工作站、组织成立商丘市针灸学会、商丘市肛肠学会。商丘市中医院针灸推拿专科联盟、商丘市中医院肛肠科专科联盟更是成为区域内专科的典范。

医院相继获得全国妇联授予“巾帼文明岗”，“全国医院医保保险服务规范先进单位”， 河南省级“五一劳动奖状”单位，河南省政授予“医院行风建设先进单位”，市总工会授予“职业道德先进单位”，曾获“河南省中医药文化建设先进单位”、“河南省中医药科普工作先进单位”“河南省第三批中医药文化宣传教育基地建设单位”荣誉，并连续多年荣获“商丘市群众满意医院”、“商丘市卫生工作先进单位”“商丘市抗击新冠肺炎疫情先进集体”等称号。